Importantes bacterias patógenas presentan afinidad por ciertos carbohidratos, especialmente los MOS. Cuando los mananos quedan a disposición en la dieta, se estimula la aglutinación de esos patógenos evitando que se unan a la mucosa intestinal, su proliferación y posibles daños a la las células encargadas de la absorción de nutrientes.

Bacterias benéficas como Bacillus, Lactobacillus y Bifidobacterium son capaces de utilizar los carbohidratos en el MOS como fuente de energía. Esto incrementa la producción de ácidos orgánicos que dificultan el crecimiento de patógenos como E. coli y Salmonella.